在建筑邊界面處,會注入示蹤粒子以模擬污染物的傳輸情況。在計算設置上,本次計算使用RANS中的k-ε Linear Production湍流模型,對動量U、湍動能k以及耗散率ε進行求解,直到流場進入穩態。在后處理中,沿著建筑邊界和街道對示蹤粒子濃度進行平均處理,以接近MUNICH模型的各向同性假設。通過得到街道和背景處的粒子濃度,可以計算縱向傳輸的系數。
但是 Protein Data Bank(PDB)數據庫并不直接提供蛋白質和配體的親和力數據,大量的親和力數據需要用戶手動在文獻中尋找;與此同時,在蛋白質純化和結晶的過程中需要加入大量的添加劑(如去污劑、鹽離子、緩沖劑、金屬離子、溶劑分子等),其將會成為污染物出現在解析后的晶體結構中,這些污染物并不能與蛋白質特異性結合,并將在許多自動化的處理中造成干擾。