在建筑邊界面處,會注入示蹤粒子以模擬污染物的傳輸情況。在計算設(shè)置上,本次計算使用RANS中的k-ε Linear Production湍流模型,對動量U、湍動能k以及耗散率ε進(jìn)行求解,直到流場進(jìn)入穩(wěn)態(tài)。在后處理中,沿著建筑邊界和街道對示蹤粒子濃度進(jìn)行平均處理,以接近MUNICH模型的各向同性假設(shè)。通過得到街道和背景處的粒子濃度,可以計算縱向傳輸?shù)南禂?shù)。
但是 Protein Data Bank(PDB)數(shù)據(jù)庫并不直接提供蛋白質(zhì)和配體的親和力數(shù)據(jù),大量的親和力數(shù)據(jù)需要用戶手動在文獻(xiàn)中尋找;與此同時,在蛋白質(zhì)純化和結(jié)晶的過程中需要加入大量的添加劑(如去污劑、鹽離子、緩沖劑、金屬離子、溶劑分子等),其將會成為污染物出現(xiàn)在解析后的晶體結(jié)構(gòu)中,這些污染物并不能與蛋白質(zhì)特異性結(jié)合,并將在許多自動化的處理中造成干擾。