多組學分析的案例
集成多組學數(shù)據(jù)的機器學習在生物醫(yī)學中的應用
? 深度學習介紹，常用神經(jīng)網(wǎng)絡架構介紹? 監(jiān)督學習介紹，神經(jīng)網(wǎng)絡在轉錄組學+代謝組學的疾病預測為例
? 無監(jiān)督學習介紹，高維組學數(shù)據(jù)降維，聚類分析，以單細胞轉錄組數(shù)據(jù)為例
2 案例實踐五：基于t-SNE和UMAP進行單細胞轉錄組學數(shù)據(jù)降維，細胞亞型聚類分析。
進階大綱
多組學聯(lián)合分析，闡明疾病分子機制 （入門及實戰(zhàn)）
背景：研究影響疾病表型變化影響的因素包括DNA,RNA,蛋白質和代謝物等。單一組學的數(shù)據(jù)難以系統(tǒng)全面地解析復雜生理過程的調控機制，多組學聯(lián)合分析通過對來自基因組、轉錄組、蛋白組、代謝組和脂質組等不同生物分子層次的批量數(shù)據(jù)進行歸一化處理、比較分析和相關性分析等統(tǒng)計學分析，建立不同層次分子間的數(shù)據(jù)關系，從而共同探究生物體內潛在的調控網(wǎng)絡機制，為生物體作用機制提供了更多證據(jù)。
目標：從常見的多組學聯(lián)合分析策略出發(fā)，如轉錄組+代謝組，蛋白組+代謝組等，對常用的數(shù)理統(tǒng)計分析方法進行介紹，之后學習如何利用數(shù)據(jù)庫如KEGG等進行生物功能富集分析，結合機器學習方法進行生物標志物的挖掘，疾病預測以及生物分子作用機制等。
展開 (CADD、ROSETTA、多組學）一區(qū)SCI墊腳石已備好！
進階大綱
多組學聯(lián)合分析，闡明疾病分子機制 （入門及實戰(zhàn)）
背景：研究影響疾病表型變化影響的因素包括DNA,RNA,蛋白質和代謝物等。單一組學的數(shù)據(jù)難以系統(tǒng)全面地解析復雜生理過程的調控機制，多組學聯(lián)合分析通過對來自基因組、轉錄組、蛋白組、代謝組和脂質組等不同生物分子層次的批量數(shù)據(jù)進行歸一化處理、比較分析和相關性分析等統(tǒng)計學分析，建立不同層次分子間的數(shù)據(jù)關系，從而共同探究生物體內潛在的調控網(wǎng)絡機制，為生物體作用機制提供了更多證據(jù)。
目標：從常見的多組學聯(lián)合分析策略出發(fā)，如轉錄組+代謝組，蛋白組+代謝組等，對常用的數(shù)理統(tǒng)計分析方法進行介紹，之后學習如何利用數(shù)據(jù)庫如KEGG等進行生物功能富集分析，結合機器學習方法進行生物標志物的挖掘，疾病預測以及生物分子作用機制等。
常用生物組學實驗與分析方法，如轉錄組學，代謝組學常用組學數(shù)據(jù)庫介紹，如TCGA,PathBank,HMDB,KEGG
Python批量處理組學數(shù)據(jù)-歸一化處理，差異分析，相關性分析
生物功能分析：GO 功能分析、代謝通路富集、分子互作等
基于轉錄組學的差異基因篩選，疾病預測
基于差異基因，聯(lián)合代謝組學分析疾病分子發(fā)生機制
? 組學數(shù)據(jù)可視化，如火山圖，t-SNE降維，代謝通路網(wǎng)絡分析
? 組學特征（基因，蛋白，代謝物）選擇（隨機森林分析）
? 單細胞轉錄組學數(shù)據(jù)分析及可視化分析
2 案例實踐三：（包含以下內容）
2 轉錄組+代謝組的多組學分析胃癌
2 從海量的數(shù)據(jù)中篩選出關鍵基因、代謝物及代謝通路
2 深度解析胃癌腫瘤標志物解釋腫瘤發(fā)生發(fā)展的復雜性和整體性案例
深度學習神經(jīng)網(wǎng)絡進階(入門及實踐)
目標：學習前沿神經(jīng)網(wǎng)絡如卷積神經(jīng)網(wǎng)絡，循環(huán)神經(jīng)網(wǎng)絡，注意力機制，自編碼器，圖神經(jīng)網(wǎng)絡在生物組學及藥物篩選的應用，遷移學習應用等。
展開 (CADD、ROSETTA、多組學）一區(qū)SCI墊腳石已備好！
? 常用生物組學實驗與分析方法，如轉錄組學，代謝組學
? 常用組學數(shù)據(jù)庫介紹，如TCGA,PathBank,HMDB,KEGG
? Python批量處理組學數(shù)據(jù)-歸一化處理，差異分析，相關性分析
? 生物功能分析：GO 功能分析、代謝通路富集、分子互作等
? 基于轉錄組學的差異基因篩選，疾病預測
? 基于差異基因，聯(lián)合代謝組學分析疾病分子發(fā)生機制
? 組學數(shù)據(jù)可視化，如火山圖，t-SNE降維，代謝通路網(wǎng)絡分析
? 組學特征（基因，蛋白，代謝物）選擇（隨機森林分析）
? 單細胞轉錄組學數(shù)據(jù)分析及可視化分析
案例實踐教學三：（包含以下內容）
轉錄組+代謝組的多組學分析胃癌
從海量的數(shù)據(jù)中篩選出關鍵基因、代謝物及代謝通路
深度解析胃癌腫瘤標志物解釋腫瘤發(fā)生發(fā)展的復雜性和整體性案例
深度學習神經(jīng)網(wǎng)絡進階(入門及實踐)
學習目標：學習前沿神經(jīng)網(wǎng)絡如卷積神經(jīng)網(wǎng)絡，循環(huán)神經(jīng)網(wǎng)絡，注意力機制，自編碼器，圖神經(jīng)網(wǎng)絡在生物組學及藥物篩選的應用，遷移學習應用等。
展開 CADD、蛋白抗體設計、多組學如何入手,速看...（生物醫(yī)藥專題系列）
了解更多 請關注公眾號：第一性原理計算與應用
扣扣：745729222
(CADD、ROSETTA、多組學）一區(qū)SCI墊腳石已備好！
分子動力學結果分析
3.1軌跡文件觀察
3.2能量數(shù)據(jù)作圖
3.3 軌跡修正處理
3.4 回旋半徑分析
3.5 計算蛋白構象的rmsd 變化
3.6計算原子位置的rmsf變化
3.7 蛋白配體構象聚類
3.8蛋白配體相互作用氫鍵分析
3.9 蛋白配體相互作用能分析
實例講解與練習：
（1）水中的溶菌酶純蛋白模擬
（2）t4溶菌酶及配體復合物模擬
答疑 針對后三天學習問題的答疑
了解更多內容 請關注公眾號：第一性原理計算與應用
vx：15010498280
qq：745729222
展開 (CADD、ROSETTA、多組學）一區(qū)SCI墊腳石已備好！
9 序列與結構設計
9.1 input和output flags控制輸入輸出
9.2 cleanatom結構預處理
9.3 rosettaclash.log和 rosettacommons
9.4 resfile等輔助文件
9.5 小改中改與大改
9.6 練習答疑
案例實踐：? fastdesign設計任務
了解更多 請關注公眾號：第一性原理計算與應用
vx：15010498280
qq：745729222
基于多柔體動力學技術的行星輪系多體動力學仿真分析
基于多柔體動力學(MFBD) 技術對行星輪系建立了剛柔耦合多體系統(tǒng)模型,其中柔體部件采用了節(jié)點法和模態(tài)縮減法兩種建模方式。利用RecurDyn 軟件對該多體系統(tǒng)進行了仿真分析,得出了行星架速度曲線和齒輪的動態(tài)嚙合力曲線,并將結果與剛體仿真結果進行比較,同時得出了行星輪系在嚙合過程中的應力云圖及節(jié)點應力曲線。通過對仿真結果的分析得出了行星輪被破壞的主要原因。仿真數(shù)據(jù)也為優(yōu)化設計和疲勞性能研究提供了依據(jù),為新產(chǎn)品的開發(fā)提供了有效的手段。
基于多柔體動力學技術的行星輪系多體動力學仿真分析.rar
展開 大型水輪發(fā)電機組轉子動力學特性分析
本文以萬家寨水輪機組為例，應用轉子動力學計算軟件ARMD對機組軸系的臨界轉速進行分析計算，并預估了機組在不同工況下水力激勵力作用下的上導、轉子中心、水導和轉輪中心等處的擺度響應。計算結果與機組軸系振動實測和模態(tài)實測結果進行了比較。比較客觀地分析了機組軸系的運行穩(wěn)定性
大型水輪發(fā)電機組轉子動力學特性分析.pdf
基于comsol的鋰電池組電化學耦合風冷相變分析 ￥2500
image_process=/format,webp/resize,w_219" alt="基于comsol的鋰電池疊片電化學耦合熱分析的圖1" width="219"></span></p><p><strong>更多相關分析，可以查看以下鏈接</strong></p><p><strong> </strong><a href="https://www.yqgqt.org.cn/content/post/1856241" rel="noopener noreferrer" target="_blank"><strong>基于Comsol的鋰電池針刺、內短路和過充仿真</strong></a></p><p><strong> </strong><a href="https://www.yqgqt.org.cn/content/post/1846979" rel="noopener noreferrer" target="_blank"><strong>應用COMSOL APP分析鋰電池熱失控蔓延防控措施</strong></a></p><p><strong>
展開 一組圖看懂材料失效分析（轉自直觀學機械）
造成失效的原因有很多，如斷裂、變形、表面磨損等。正確的失效分析是解決零件失效、提高承載能力的基本環(huán)節(jié)。失效規(guī)律及機理是材料強度研究的基礎，從材料角度研究失效原因，進而找到防止失效的有效途徑。
飛機多用途高空工作平臺多體動力學分析
（轉）
摘要：本文以飛機多用途高空工作平臺為研究對象，運用MotionView/MotionSolve分析軟件建立了其多體動力學模型，并根據(jù)飛機多用途高空工作平臺的工作原理，建立了多種分析工況，對不同工況進行了運動仿真和傾翻特性研究，根據(jù)仿真結果對飛機多用途高空工作平臺進行設計改進。
關鍵詞：高空工作平臺，多體動力學，穩(wěn)定性，模擬仿真
0 引言
飛機多用途高空工作平臺是飛機日常維護所需的重要保障設備，它可以滿足不同作業(yè)高度的升降需求。飛機多用途高空工作平臺主要用于飛機機身中高部、機翼下部、機翼前后緣、翼尖等多部位的維護；在專用拆裝設備的配合下，也可作為飛機RAT、環(huán)控系統(tǒng)預冷散熱器拆裝、維護的作業(yè)平臺。為了操作人員和飛機安全，飛機多用途高空工作平臺的設計需要考慮各種使用工況下的安全和穩(wěn)定性。
本文以飛機多用途高空工作平臺為研究對象，運用MotionView/MotionSolve分析軟件建立了其多體動力學模型，并基于建模－對標－分析的完整建模流程，得到高精度的剛柔耦合動力學模型。根據(jù)飛機多用途高空工作平臺的工作原理，建立了多種分析工況，對不同工況進行了運動仿真和傾翻特性研究，根據(jù)仿真結果對飛機多用途高空工作平臺進行設計改進。
1 高空工作平臺多體動力學建模
1.1單位和坐標系
飛機多用途高空工作平臺的整個建模過程中，采用如下的單位制：毫米（mm）、千克（Kg）、秒（s）、牛頓（N）。飛機多用途高空工作平臺動力學模型的坐標系定義如下：整體坐標系為直角坐標系，坐標原點為高空工作平臺頂部的中心位置，X軸沿高空工作平臺構造水平線向前為正，Y軸在水平面內垂直于X軸向上為正，Z軸向上為正與X、Y軸構成右手坐標系，整個模型沿XZ平面對稱。
展開 
基于ansys有限元原理的發(fā)電機組機架動力學分析
基于ansys有限元原理分析發(fā)電機組機架動力特性，包括模態(tài)分析和響應分析，具體的分析方法和過程，可以給予報酬，有的話給我留言，我會把詳細參數(shù)發(fā)給你。
多用途高空工作平臺多體動力學分析
摘要：本文以飛機多用途高空工作平臺為研究對象，運用MotionView/MotionSolve分析軟件建立了其多體動力學模型，并根據(jù)飛機多用途高空工作平臺的工作原理，建立了多種分析工況，對不同工況進行了運動仿真和傾翻特性研究，根據(jù)仿真結果對飛機多用途高空工作平臺進行設計改進。
引言
飛機多用途高空工作平臺是飛機日常維護所需的重要保障設備，它可以滿足不同作業(yè)高度的升降需求。飛機多用途高空工作平臺主要用于飛機機身中高部、機翼下部、機翼前后緣、翼尖等多部位的維護；在專用拆裝設備的配合下，也可作為飛機RAT、環(huán)控系統(tǒng)預冷散熱器拆裝、維護的作業(yè)平臺。為了操作人員和飛機安全，飛機多用途高空工作平臺的設計需要考慮各種使用工況下的安全和穩(wěn)定性。
本文以飛機多用途高空工作平臺為研究對象，運用MotionView/MotionSolve分析軟件建立了其多體動力學模型，并基于建模－對標－分析的完整建模流程，得到高精度的剛柔耦合動力學模型。根據(jù)飛機多用途高空工作平臺的工作原理，建立了多種分析工況，對不同工況進行了運動仿真和傾翻特性研究，根據(jù)仿真結果對飛機多用途高空工作平臺進行設計改進。
1 高空工作平臺多體動力學建模
1.1單位和坐標系
飛機多用途高空工作平臺的整個建模過程中，采用如下的單位制：毫米（mm）、千克（Kg）、秒（s）、牛頓（N）。飛機多用途高空工作平臺動力學模型的坐標系定義如下：整體坐標系為直角坐標系，坐標原點為高空工作平臺頂部的中心位置，X軸沿高空工作平臺構造水平線向前為正，Y軸在水平面內垂直于X軸向上為正，Z軸向上為正與X、Y軸構成右手坐標系，整個模型沿XZ平面對稱。
展開 基于機械系統(tǒng)動力學自動分析的多噴頭3D打印機運動學研究
摘 要：針對目前3D打印機打印回轉體類型零件速度慢、插補復雜、效率低等缺陷，設計一種3D打印機，由底座、行星齒輪組、Z軸運動機構、橫向絲杠機構和料架等組成。通過ADAMS仿真軟件進行運動學虛擬仿真分析。3D打印機可通過增加打印噴頭數(shù)量來提高打印速度。通過對多噴頭的協(xié)作打印方案進行運動仿真模擬計算，得到運動學特性。通過對比分析不同時刻的末端執(zhí)行器的速度、加速度和受力情況，驗證3D打印機機械機構運動可行性。相比于傳統(tǒng)3D打印機，該打印機對于回轉體零件的打印效率顯著提高。
關鍵詞：3D打印機;ADAMS;FDM;柱坐標;多噴頭;
3D Systems公司創(chuàng)始人Hull首次申請立體光刻技術以來，3D打印機開始蓬勃發(fā)展。近年來，國內外學者對于3D打印機的機械結構進行不斷探索與研究，許多不同類型和結構的打印機逐漸被使用[1,2]。至今已有熔融沉積成型（FDM）、光固化成型（SLA）、三維粉末粘接（3DP）、選擇性激光燒結（SLS）和無模鑄型制造技術（PCM）等3D打印機工藝。而Stratasys公司創(chuàng)始人Crump研發(fā)FDM工藝的3D打印機憑借著維護成本低，構造原理較為簡單和使用便利等特點被大范圍應用[3,4,5]。其中，Bowyer改進了串聯(lián)機構立體式3D打印機，方向靈活，易于控制但打印精度較低，需要同時控制工作臺和打印頭才能實現(xiàn)打印。后有學者鑒于串聯(lián)所產(chǎn)生的一系列問題申請了基于Delta并聯(lián)機械結構的3D打印機專利，提高打印精度與質量，但由于結構的局限性，打印回轉體類型程序復雜，控制較為困難[6]。機械臂3D打印技術可以多個自由度快速打印，可見該技術對編程要求極高[7,8,9,10]。
展開 【技術貼】AVL FIRE? M：從噴嘴內流到發(fā)動機缸內過程——考慮多組分燃料閃急沸騰的完整仿真分析方案
我們采用摩爾密度分數(shù)（Molar Density Fraction，簡稱MDF）這個概念來體現(xiàn)氣相和液相狀態(tài)下不同組分的占比，其定義見下方的公式：
通過摩爾密度分數(shù)，可以更加清晰的了解到各相中不同組分的分布和占比。圖10和圖11分別展示了各個組分液相和氣相的摩爾密度分數(shù)隨時間的變化情況。
圖10：各個組分液相摩爾密度分數(shù)發(fā)展過程
多組燃料的閃急沸騰特性完全取決于各個組分的揮發(fā)性。在PACE燃料各組分的分析中，乙醇（Ethanol，C2H6O）是最輕的成分，而四氫萘(Tetralin，C10H12)是最重的。根據(jù)快速沸騰物理學，這說明乙醇的蒸發(fā)速度更快，而四氫萘的蒸發(fā)速度較慢。從圖10和圖11中可以清楚地看到，其它組分的蒸發(fā)速率介于乙醇和四氫萘之間。
圖11：各個組分氣相摩爾密度分數(shù)發(fā)展過程
6
試驗驗證
采用ANL的測試結果驗證多組分模型的精度。圖12展示了距噴嘴出口下方1mm平面處液體密度（μg/mm3）的定性對比。從圖片中可以看出，F(xiàn)IRE M的模擬結果和測試結果高度一致。可以看出每束噴霧的中部都有一個完整的液核，并沿著徑向向外擴散。
圖12：仿真驗證-噴嘴出口1mm平面處液體密度的定性對比
圖13為定量對比，展示了仿真與試驗在噴嘴出口1mm平面處的液體密度沿中心線（圖13中虛線）投影。圖中數(shù)值為液體密度、分布密度的積分值。可以看出，AVL FIRE M的仿真結果與試驗測試結果高度一致。
圖13：仿真驗證-噴嘴出口1mm平面處的定量對比
7
如何通過仿真多組分燃料噴嘴內流如何影響缸內噴霧燃燒？
閃急沸騰發(fā)生時，液體射流的行為及其分解是劇烈變化的，因此它對噴霧的發(fā)展和濕壁行為會產(chǎn)生很大的影響，從而進一步影響到燃燒品質和污染物的形成。
展開 