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分子動(dòng)力學(xué)模擬的入門(mén)書(shū)籍 [推薦]【轉(zhuǎn)】
學(xué)這些東西的時(shí)候首先主要是要知道模擬的基本流程以及實(shí)現(xiàn)的方法,包括怎樣搭建模擬的體系、各種文件格式的轉(zhuǎn)換、系綜與盒子的選擇、水及離子、能量極小化等等,等到模擬的軌跡出來(lái)怎樣對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,等到之后還可以學(xué)習(xí)軟件里面的一些插件,例如一些加速采樣的方法等等。
自己學(xué)一種語(yǔ)言的話,在初期,做 MD比較重要的是腳本語(yǔ)言,包括 Shell 腳本或者其它你自己喜歡的腳本。因?yàn)樽罱K你還是不太可能完全在自己的電腦上跑程序的,所以要有一個(gè)你自己用得比較熟的、能對(duì)大規(guī)模的數(shù)據(jù)進(jìn)行處理的語(yǔ)言,我覺(jué)得 Python 是很適合的,而且里面的 Prody,Matplotlib 等等各種包都非常好用。
入門(mén)之后,如果希望自己通過(guò)一些量子化學(xué)的計(jì)算結(jié)果去調(diào)整和修改現(xiàn)有的力場(chǎng),那么需要能看懂其他人的代碼,這種時(shí)候很可能會(huì)需要能讀懂 Fortran 的代碼。如果自己喜歡做一些簡(jiǎn)化模型自己弄著玩,用 Python 之類(lèi)的寫(xiě)起來(lái)是簡(jiǎn)單,但是效率太低,還是需要會(huì)一點(diǎn)點(diǎn) C 或者 C++,當(dāng)然語(yǔ)言只是一方面,更重要的是自己要結(jié)合實(shí)際的體系做一些最簡(jiǎn)單的優(yōu)化。
相比起書(shū)籍來(lái),還可以關(guān)注一些做模擬的學(xué)術(shù)們聚集的論壇和社區(qū),例如:小木蟲(chóng)、分子模擬論壇、ResearchGate 等等。
參考書(shū)的話,其實(shí)有很多,不過(guò)還是要看你自己需要哪方面的內(nèi)容:
分子模擬方面的經(jīng)典書(shū)籍:Understanding molecular simulation: From algorithms to applications 和 Molecular Modelling - Principles and Applications ,兩本書(shū)的側(cè)重點(diǎn)有些不同。
展開(kāi) 經(jīng)典ansys書(shū)籍推薦
ANSYS9.0經(jīng)典產(chǎn)品基礎(chǔ)教程與實(shí)例詳解
ANSYS 9.0經(jīng)典產(chǎn)品高級(jí)分析技術(shù)與實(shí)例詳解
博弈創(chuàng)作室編著
國(guó)水利水電出版社 2006
用ansys一年多,就感覺(jué)這套書(shū)不錯(cuò),推薦給各位同道,其它的見(jiàn)過(guò)十幾種都是垃圾。上次圖書(shū)館進(jìn)了十幾套被迅速搶借一空,我也只弄到下冊(cè)一本,正準(zhǔn)備讓老板報(bào)銷(xiāo)郵購(gòu)一套呢。
Ansys及有限元理論相關(guān)國(guó)外書(shū)籍推薦
ANSYS作為通用有限元軟件,國(guó)內(nèi)外熱度非常高,相信很多同學(xué)為了學(xué)習(xí)ANSYS都看了不少國(guó)內(nèi)書(shū)籍,今日水哥就分享下個(gè)人覺(jué)得還不錯(cuò)的國(guó)外相關(guān)書(shū)籍,書(shū)不在多,這里每一個(gè)類(lèi)型只推薦兩本,供大家參考學(xué)習(xí)。順便提一句,國(guó)外的教材真的非常貴啊,一般電子書(shū)都要幾十刀,更別提紙質(zhì)版了。
一、有限元理論書(shū)籍推薦
這部分針對(duì)于有限元小白,除了想學(xué)習(xí)軟件操作外,更想補(bǔ)充下有限元理論知識(shí),國(guó)內(nèi)關(guān)于有限元理論書(shū)籍頗多,這里不在推薦,水哥個(gè)人覺(jué)得國(guó)外的理論書(shū)籍同學(xué)們可學(xué)習(xí)下面四本:
1、A First Course in the Finite Element Method
這本書(shū)面向?qū)ο笾饕獮?土木和機(jī)械的學(xué)生,全書(shū)共分為16章,從最簡(jiǎn)單的有限元概念講起,逐漸深入,循序漸進(jìn),易于理解,總計(jì)1000多頁(yè),非常適合系統(tǒng)性的學(xué)習(xí)有限元理論,這里水哥強(qiáng)烈推薦!
2、The Finite Element Method Linear Static and Dynamic Finite Element Analysis
這本書(shū)出版較早,于2000年出版,是斯斯丹福大學(xué)Thomas教授的經(jīng)典之作,其中提出的許多概念到今日都還在使用,全書(shū)共計(jì)800多頁(yè),值得仔細(xì)研讀。
3、Introduction to Nonlinear Finite Element Analysis
前面提到的兩本書(shū)多以介紹基本彈性理論為主,這本書(shū)則主要側(cè)重于對(duì)非線性方面的有限元理論介紹,比如在ANSYS中經(jīng)常遇到的弧長(zhǎng)法、牛頓-拉普拉斯求解方法原理都可以在這里面找到,非常適合論文里面需要寫(xiě)理論公式的同學(xué),懂的都懂,其中還有Matlab代碼案例演示,幫助理解部分概念,適合與上面兩本書(shū)配合一起研讀。全書(shū)共計(jì)443頁(yè)。
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