學(xué)abaqus入門(mén)書(shū)籍的案例
關(guān)于分子動(dòng)力學(xué)模擬的入門(mén)書(shū)籍
入門(mén)階段，首先你要知道你想做什么，最好是找個(gè)看起來(lái)不太難的文章照著把里面的模擬自己重復(fù)一遍。因?yàn)槿幽M大都是用一些軟件來(lái)進(jìn)行的，因此你首先需要的是學(xué)會(huì)一些軟件的使用，常用的生物分子模擬軟件包括：Gromacs、Amber 和 NAMD 等等，材料有關(guān)的模擬還有 Lammps 等軟件。學(xué)這些東西的時(shí)候首先主要是要知道模擬的基本流程以及實(shí)現(xiàn)的方法，包括怎樣搭建模擬的體系、各種文件格式的轉(zhuǎn)換、系綜與盒子的選擇、水及離子、能量極小化等等，等到模擬的軌跡出來(lái)怎樣對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，等到之后還可以學(xué)習(xí)軟件里面的一些插件，例如一些加速采樣的方法等等。
自己學(xué)一種語(yǔ)言的話(huà)，在初期，做 MD 比較重要的是腳本語(yǔ)言，包括 Shell 腳本或者其它你自己喜歡的腳本。因?yàn)樽罱K你還是不太可能完全在自己的電腦上跑程序的，所以要有一個(gè)你自己用得比較熟的、能對(duì)大規(guī)模的數(shù)據(jù)進(jìn)行處理的語(yǔ)言，我覺(jué)得 Python 是很適合的，而且里面的 Prody，Matplotlib 等等各種包都非常好用。
入門(mén)之后，如果希望自己通過(guò)一些量子化學(xué)的計(jì)算結(jié)果去調(diào)整和修改現(xiàn)有的力場(chǎng)，那么需要能看懂其他人的代碼，這種時(shí)候很可能會(huì)需要能讀懂 Fortran 的代碼。如果自己喜歡做一些簡(jiǎn)化模型自己弄著玩，用 Python 之類(lèi)的寫(xiě)起來(lái)是簡(jiǎn)單，但是效率太低，還是需要會(huì)一點(diǎn)點(diǎn) C 或者 C++，當(dāng)然語(yǔ)言只是一方面，更重要的是自己要結(jié)合實(shí)際的體系做一些最簡(jiǎn)單的優(yōu)化。
相比起書(shū)籍來(lái)，還可以關(guān)注一些做模擬的學(xué)術(shù)們聚集的論壇和社區(qū)，例如：小木蟲(chóng)、分子模擬論壇、ResearchGate 等等。
展開(kāi) 分子動(dòng)力學(xué)模擬的入門(mén)書(shū)籍 [推薦]【轉(zhuǎn)】
入門(mén)階段，首先你要知道你想做什么，最好是找個(gè)看起來(lái)不太難的文章照著把里面的模擬自己重復(fù)一遍。因?yàn)槿幽M大都是用一些軟件來(lái)進(jìn)行的，因此你首先需要的是學(xué)會(huì)一些軟件的使用，常用的生物分子模擬軟件包括：Gromacs、Amber 和 NAMD 等等，材料有關(guān)的模擬還有 Lammps 等軟件。學(xué)這些東西的時(shí)候首先主要是要知道模擬的基本流程以及實(shí)現(xiàn)的方法，包括怎樣搭建模擬的體系、各種文件格式的轉(zhuǎn)換、系綜與盒子的選擇、水及離子、能量極小化等等，等到模擬的軌跡出來(lái)怎樣對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，等到之后還可以學(xué)習(xí)軟件里面的一些插件，例如一些加速采樣的方法等等。
自己學(xué)一種語(yǔ)言的話(huà)，在初期，做 MD比較重要的是腳本語(yǔ)言，包括 Shell 腳本或者其它你自己喜歡的腳本。因?yàn)樽罱K你還是不太可能完全在自己的電腦上跑程序的，所以要有一個(gè)你自己用得比較熟的、能對(duì)大規(guī)模的數(shù)據(jù)進(jìn)行處理的語(yǔ)言，我覺(jué)得 Python 是很適合的，而且里面的 Prody，Matplotlib 等等各種包都非常好用。
入門(mén)之后，如果希望自己通過(guò)一些量子化學(xué)的計(jì)算結(jié)果去調(diào)整和修改現(xiàn)有的力場(chǎng)，那么需要能看懂其他人的代碼，這種時(shí)候很可能會(huì)需要能讀懂 Fortran 的代碼。如果自己喜歡做一些簡(jiǎn)化模型自己弄著玩，用 Python 之類(lèi)的寫(xiě)起來(lái)是簡(jiǎn)單，但是效率太低，還是需要會(huì)一點(diǎn)點(diǎn) C 或者 C++，當(dāng)然語(yǔ)言只是一方面，更重要的是自己要結(jié)合實(shí)際的體系做一些最簡(jiǎn)單的優(yōu)化。
相比起書(shū)籍來(lái)，還可以關(guān)注一些做模擬的學(xué)術(shù)們聚集的論壇和社區(qū)，例如：小木蟲(chóng)、分子模擬論壇、ResearchGate 等等。
展開(kāi) abaqus新手入門(mén)學(xué)習(xí)視頻和學(xué)習(xí)書(shū)籍電子版
1、.基礎(chǔ)入門(mén)培訓(xùn)視頻
2、基礎(chǔ)操作詳解視頻
3、基礎(chǔ)培訓(xùn)教程講義
4、進(jìn)階與應(yīng)用實(shí)例詳解1
5、在土木巖土工程應(yīng)用（PDF)
6、軟件安裝包
想學(xué)習(xí)的可以加QQ1170831844
Abaqus顯式動(dòng)力學(xué)入門(mén)案例-丟金幣/擲骰子
“ 用兩個(gè)剛體顯式動(dòng)力學(xué)案例，入門(mén)Abaqus/Explicit”
最近科研項(xiàng)目遇到一點(diǎn)小小的挫折，涉及接觸的算例怎么修改邊界條件都難以收斂。我猜想如果換用顯式動(dòng)力學(xué)可能可以讓問(wèn)題更快實(shí)現(xiàn)收斂。之前雖然玩過(guò)一兩次，但一直沒(méi)有很認(rèn)真的正式學(xué)習(xí)顯式動(dòng)力學(xué)。今天這篇文章，就用USim鄧怡超工程師幾年前分享的兩個(gè)inp文件，學(xué)習(xí)一下Abaqus/Explicit顯式動(dòng)力學(xué)分析。
既然用了別人的模型，那就在開(kāi)頭顯著位置寫(xiě)一下致謝吧。感謝USim，在我還在猶豫沒(méi)想好是在仿真領(lǐng)域一條道走到黑還是畢業(yè)轉(zhuǎn)行當(dāng)碼農(nóng)的時(shí)刻，是USim鄧工分享的一波Abaqus算例動(dòng)畫(huà)讓我燃起了對(duì)有限元仿真的極大熱情（emmm這么說(shuō)來(lái)也不知是福是禍，但我確實(shí)發(fā)自?xún)?nèi)心的喜歡力學(xué)和有限元仿真）。鄧怡超在他公眾號(hào)菜單里免費(fèi)分享的很多inp文件也是我學(xué)習(xí)的樣本。
如何將隨機(jī)性引入Abaqus仿真？網(wǎng)球隨機(jī)發(fā)射模擬
01
顯式動(dòng)力學(xué)
先翻譯一些不那么有趣的東西。如果想直接看丟YingBi（這居然是敏感詞，完全無(wú)法理解）的小伙伴可以往下滑~（P.S.還是按慣例翻譯自幫助文檔。寫(xiě)到這里發(fā)現(xiàn)我的彩云小譯半年會(huì)員居然已經(jīng)到期了，果斷再續(xù)一年~）
什么是顯式動(dòng)力學(xué)分析？它和隱式分析的區(qū)別在何處？
使用直接積分法的隱式動(dòng)力學(xué)在Abaqus中是由Abaqus/Standard求解器提供的，而Abaqus/Explicit關(guān)于時(shí)間部分使用了中心差分算子。在隱式動(dòng)力學(xué)分析中，必須對(duì)積分算子矩陣求逆，對(duì)每個(gè)時(shí)間增量步都需要求解一組非線(xiàn)性的平衡方程。而在顯式動(dòng)力學(xué)中，節(jié)點(diǎn)的位移和速度是根據(jù)時(shí)間增量步開(kāi)始時(shí)刻已知的量計(jì)算出來(lái)的，不需要組裝成整體質(zhì)量陣和剛度陣并求逆。
展開(kāi) 
