ps2000
關注創建者：李傳信 創建時間：2021-02-15
ps2000的實例教程
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PS2000
展開 生成某時間段的平均結構（用-b， -e限制時間，如-b 1000 -e 2000指：從第1000ps開始到2000ps）
gmxcovar -f md_0_1.xtc -s md_0_1.tpr –b 1000 -e 2000 -av traj_avg.pdb
2. 統計某時間段的氫鍵數目（用-b， -e限制時間）
gmxhbond -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -b 25 -e 40 -num hnum.xvg -tu ns
3. 鹽橋（用-b， -e限制時間）
gmxsaltbr -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -b 39900 -e 40000 -t 10000
4. 將模擬后的.gro文件轉化為.pdb文件
gmxeditconf -f md_0_1.gro -o md_0_1.pdb
5. 兩個結構疊加
gmx confrms-f1 model1.pdb -f2 model2.pdb -o fit.pdb
我一般是用pymol軟件簡直對兩個結構疊加。
6. do_dssp使用
安裝：
a.在其官網上下載安裝包http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ 下載dssp-2.0.4-linux-and64
b. 將安裝包移動到目錄/usr/local/bin下面
sudocp dssp-2.0.4-linux-and64 /usr/local/bin
c. 進入/usr/local/bin
cd/usr/local/bin
d. 文件重命名 mv dssp-2.0.4-linux-and64 dssp
c. 修改權限 chmod a+x /usr/local/bin/dssp
e.
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