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/run_cmake即可自動構建和安裝。

眾所周知，在分子動力學模擬中，保證模擬結果精確性的最重要因素之一就是力場的準確性，尤其是非鍵相互作用和電荷的準確性。對于核酸和蛋白質等體系，Gromacs擁有自帶的力場包例如amber、charmm以及opls可以自動識別并提供相應的參數和電荷，這些參數經過開發者的測試具有較高準確性。但是對于一些非常見的分子例如配體等力場的構建，gromacs無法自動處理，需要我們額外處理。

蛋白質及配體結構獲取在本教程中，我們將使用T4溶菌酶L99A/M102Q(PDB ID：3HTB)為例，從PDB蛋白數據庫 (RCSB PDB)下載其晶體結構，去掉晶體水，PO4和 BME。 蛋白及配體力場獲取只有在力場的.rtp文件中存在構建塊的條目時，拓撲才能自動組裝。

2.1 蛋白-多肽相互作用簡介 2.2 蛋白-多肽分子預處理 2.3 蛋白-多肽分子對接 2.4 對接結果展示與分析 實例講解與練習：新冠靶點3CL與多肽/類多肽抑制劑的對接 3、含金屬離子的蛋白靶點與小分子對接 3.1 金屬酶蛋白

構建這樣一個詳盡的模型非常昂貴，且費時費力，既無必要，在大多數情況下也是不現實的。建模的關鍵是了解模型類型和所需細節程度。本應用說明描述兩種LED建模程序提供良好的出發點并鼓勵用戶在具體設計和應用上增加更多的細節和精度。

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為了復制生物制品處理細胞外物質的綠色化學原理，未來幾年至關重要的是闡明結構前體蛋白如何在細胞外環境中分泌并運輸到它們的最終目的地；它們如何與成熟結構的其他構建塊（其他蛋白質、多糖、金屬離子和礦物質）特異性相互作用；以及它們最終如何化學穩定以構建堅固的材料。

北鯤云配有獨有的并行計算調度管理模塊，可在短短幾分鐘內快速構建與安裝部署一個“獨享式”的云端高性能計算集群。課題組在北鯤云超算平臺啟動1張單卡Nvidia V100使用Amber軟件采用分子動力學手段模擬了1074個氨基酸,共78102個原子在水中的擴散性質，模擬時長5ns，僅需24小時。大大提升了科研效率。

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