生成GROMACS拓撲文件的各種工具
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力場 |
工具 |
說明 |
AMBER GAFF |
推薦的標準做法 |
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簡單腳本, 需要提供電荷 |
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CHARMM |
[url=]SwissParam[/url] |
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用于CHARMM的通用力場, 待考 |
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GROMOS |
自動生成拓撲的網絡服務器, 經典工具, 輸出文件需要檢查 |
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自動生成拓撲的網絡服務器, 可能更好, 輸出文件仍需檢查 |
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OPLS-AA |
目前最好 |
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簡單腳本, 需要提供電荷 |
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將Tripos.mol2文件轉換為拓撲 |
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將全原子的pdb文件轉換為拓撲 |
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UFF |
近似UFF力場, 可作參考 |
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生物分子力場 |
pdb2gmx |
GROMACS通用工具, 只用于蛋白質, DNA, RNA的生物分子 |
所有力場 |
x2top |
GROMACS通用工具, 一般用于周期性體系, 聚合物等, 只給出初步拓撲文件 |
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