GROMACS分子動力學模擬技術與應用培訓班
關于舉辦“GROMACS分子動力學模擬技術與應用”培訓班的通知
各有關單位:
分子動力學模擬可以通過多款軟件進行，根據需要不同可以選擇不同的軟件。其中GROMACS的應用是最廣泛的，該軟件功能強大，用戶友好，能夠滿足幾乎所有常見的原子體系模擬需要、而且免費開源。采用GROMACS進行分子動力學計算分析從而指導進一步的實驗工作，預測理論結果。不論你從事計算化學，生物醫學或者其他領域的研究, 理解并實踐分子模擬都能給你一些新的的思考方式，增強你對新問題的分析力與洞察力，應新老客戶的科研需求，北京軟研國際信息技術研究院特舉辦“GROMACS分子動力學模擬技術與應用”培訓班，本次培訓由互動派（北京）教育科技有限公司具體承辦，具體相關事宜通知如下：
一、培訓特色：
1、小班授課，培訓教室配備有電腦（每人一臺）、服務器、投影；
2、對知識進行系統講解，由淺入深，配合案例解析邊講邊練，讓學員能運用模擬軟件針對每個技術點進行上機操作；授課老師和助教現場解決學員提出的各種專業問題，針對性的分析學員需求并提供指導，從而更好地滿足學員不同方面的科研需求；
3、課堂上邀請學員進入專屬班級交流群，分享內部資料，學員學完后可以繼續在班級群與老師同學交流問題。另外隨著課程的不斷優化，我們為老學員提供了專屬增值服務，參加一次培訓，后期本人可以免費再參加一次。
二、時間地點：
每年都有舉辦，最新一期安排在
2018年12月20日——12月23日 西安
三、報名費用：
每人￥3300元（含報名費、培訓費、資料費），食宿費用自理。
價格優惠政策：提前報名匯款的客戶每人優惠400元；
如需開具會議費的單位請聯系招生老師要會議邀請函；
五、報名聯系方式：
聯 系 人: 招生辦公室
聯系電話：010-56245524
聯系手機：17710658969
咨詢QQ： 85329991
官方網址：www.hdpaii.com
分子動力學交流大群QQ群：668223348
“GROMACS分子動力學模擬技術與應用”培訓班課程內容
課 程 |
內 容 |
一、GROMACS基礎 |
1 分子模擬入門理論——對分子動力學模擬原理游刃有余 1.1基本假設 1.2主要算法介紹：最速下降法、共軛梯度法 1.3積分步長的選取 1.4溫度和壓力控制 1.5周期性邊界條件 1.6分子動力學模擬流程 |
二、GROMACS入門操作 |
2 GROMACS入門操作基礎 2.1 Linux命令入門基礎——熟練掌握GROMACS所用的Linux命令 2.2 GROMACS的win版linux版編譯安裝——學會編譯方法，針對自己體系編譯軟件 2.3 GROMACS涉及的各種輸入輸出文件參數介紹 2.4 GROMACS力場介紹——深度探究力場具體形式，為以后創建自己體系做準備 OPLS為例，力場的各種參數說明 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使學員具有扎實的技術基礎 3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模軟件的使用 3.2 建立各種體系模型 混合模型、界面模型、球體模型等 3.3 小分子各種力場TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB itp, top的結構以及參數說明 3.4 建立均相、多相體系 3.5 如何修改力場參數 |
三、GROMACS建模 計算 |
4 GROMACS計算實例——熟練掌握GROMACS計算一整套流程 4.1 純相、多相混合體系模擬計算 冰、水、甲烷等、超臨界二氧化碳等 乙醇等極性溶劑 石油化工領域等、聚合物分子等 4.2 界面模擬計算 氣液界面、固液界面、油水界面 表面活性劑的界面模擬 4.3 物理場下的模擬計算 靜電場、微波場、高斯脈沖場 4.4 石墨烯、納米管的模擬 5 使用AmberTools建立分子GAFF力場（力場的精確構建方法） |
四、GROMACS初級 數據分析 |
6 GROMACS數據分析 6.1 GROMACS初級分析工具運用 徑向分布函數（RDF）/ 離子配位數 / 擴散系數 / 介電常數 6.2 各種能量性質計算 各個方向密度、壓力、表面張力、勢能 6.3 氫鍵相關性質計算 平均氫鍵個數 / 平均氫鍵壽命 / 氫鍵自相關函數 6.4 結構分布、四面體參數 6.5 計算鍵角和二面角的分布 用make_ndx建立索引 6.6 計算二維的平面或軸徑向密度 6.7 空間分布函數的繪制 |
五、高級建模分析 |
7 蛋白體系、生物大分子建模仿真 8 復雜體系建模仿真：蛋白配體復合物 9 傘形采樣——計算結合自由能 10 使用g_MMPBSA計算結合自由能 10.1 編譯安裝APBS、g_mmpbsa 10.2 通過g_mmpbsa計算分子間結合自由能 11表面活性劑構建和模擬 12生物膜構建和模擬 13 固/晶體建模仿真 |
六、高級數據分析 |
14 GROMACS高級分析工具運用 RMSD分析 / 抽取性質數據/ 計算回轉半徑 / 計算平均結構等 軌跡的處理: trajconv、g_traj (重點，為以后寫代碼分析提供支持) 15 分析軌跡代碼編寫 bash腳本/ python腳本 |
工程師必備
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