氫原子與電負性大的原子X以共價鍵結合，若與電負性大、半徑小的原子Y（O F N等）接近，在X與Y之間以氫為媒介，生成X-H…Y形式的一種特殊的分子間或分子內相互作用，稱為氫鍵。

氫鍵通常是物質在液態時形成的，但形成后有時也能繼續存在于某些晶態甚至氣態物質之中。分子內生成氫鍵，熔、沸點常降低。因為物質的熔沸點與分子間作用力有關，如果分子內形成氫鍵，那么相應的分子間的作用力就會減少, 分子內氫鍵會使物質熔沸點降低。在極性溶劑中，如果溶質分子與溶劑分子之間可以形成氫鍵，則溶質的溶解度增大。分子間有氫鍵的液體，一般粘度較大。液體分子間若形成氫鍵，有可能發生締合現象，分子締合的結果會影響液體的密度。

氫鍵在纖維素材料的力學性能方面起著重要作用。氫鍵通常被視為一種特殊的弱相互作用，其一般的被理解為電負性較強的原子與另一個電負性原子共價結合的H原子間形成的一種弱庫侖相互作用。纖維素材料中的氫鍵分為分子間以及分子內的氫鍵。分子內和分子間的氫鍵分別在纖維素分子的化學及熱穩定性和力學性能的穩定性發揮著重要的作用。

那么，在ms中進行動力之后，我們如何去探討去統計體系的氫鍵數目，亦或是過程中的氫鍵變化情況呢？對于小體系來說，通過手眼合作，找出氫鍵是可行的。但是，對于動力學的大體系，或者是幾百上千的軌跡過程的氫鍵樹目判斷，確實不太可行的，因此，我們構建了以perl為基礎的腳本文件實現對氫鍵的分析，具體分析結果如下所示。

這是對最后一幀的數據統計，通過對最后一幀的統計，也可以是就算過程中的任意幀的統計，我們可以清洗的或者體系中氫鍵的數量和長度。

在更多計算實例中，我們關注整個運行過程中的氫鍵數目變化，如下圖，我們的腳本也可以收集過程的氫鍵信息。

不僅如此，我們的腳本還實現了對在分子內氫鍵，分子間氫鍵的區分統計，如組分數目角度，腳本也可以靈活修改，以適應組分的變化。另外，腳本還能夠加入統計隨時間變化各組分氫鍵的平均值變化情況。

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