[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線
一區Script Materialia期刊:多主元素合金中的短程有序域擴散一文,研究了CrCoNi合金和MoNbTa合金中原子的擴散過程,文中有出現如下圖所示的原子運動軌跡線。這種原子運動軌跡線我們在研究擴散過程中常常會用到。
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖1](https://img.jishulink.com/msimage/202309/168fabc0ef63b5652b1636f899d0b810.png)
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖2](https://img.jishulink.com/msimage/202309/a5c812f078f1ca86361522e2955f061c.png)
圖參考自:Bin Xing, Xinyi Wang, William J. Short-range order localizing diffusion in multi-principal element alloys,Scripta Materialia, 2022
本文將介紹如何利用OVITO軟件再現文章的不同顏色的原子的軌跡圖
1、打開OVITO界面并且導入數據文件
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖3](https://img.jishulink.com/msimage/202309/01a15e09a6657acece850121a9e4048d.png)
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖4](https://img.jishulink.com/msimage/202309/4da7a9f2e691f22e98198fb06294838e.png)
2、選擇該原子模型的某一面,我選擇的視角為(left)
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖5](https://img.jishulink.com/msimage/202309/9820f4757b084ebe538e246be3becc15.png)
3、開始將該原子面開始刪除為只包含一層原子的模型,先采用Expression selection,并且在Boolean expression中選擇Position.X <=1
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖6](https://img.jishulink.com/msimage/202309/70b77bb35fec8873b9977d093c82a469.png)
4、采用Invert selection 進行反向選擇
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖7](https://img.jishulink.com/msimage/202309/399a1c1fb395bfdba34bbe03be72dc62.png)
5、采用Delete selected 將反選擇好的原子刪除掉,得到了只有一層原子面
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖8](https://img.jishulink.com/msimage/202309/c0f6f47e7bf5b7bf4fc8d0728e19d559.png)
6、選擇Manual selection中的Pick對該原子表面的其中一個原子進行標定
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖9](https://img.jishulink.com/msimage/202309/4f6a29ab122ec30bb26596722f8745d2.png)
7,選擇Generate trajectory lines,選擇加載的原子軌跡為5000幀,加載完之后在Tracjectory display中修改軌跡的顏色以及線寬,如下
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖10](https://img.jishulink.com/msimage/202309/fc930d5997367dad7475f28a1c675fb4.png)
得到該選定原子的5000幀之前的全部原子軌跡
8,若想得到其他原子不同顏色的軌跡,重復上述操作7,本次操作只選擇5種不同顏色的原子軌跡圖
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖11](https://img.jishulink.com/msimage/202309/8ec9e6fe696938adec9e23387b862ba1.png)
由于所選擇的原子并非在原子表面移動,所以,根據實際情況而定,這樣就初步得到3個不同顏色的原子軌跡
9、將這一層原子的顏色調整成一種顏色,(根據個人喜好來),然后調整原子的半徑大小
![[lammps教程]OVITO繪制原子運動軌跡線的圖12](https://img.jishulink.com/msimage/202309/0013c9133887c01d1098904cbbda989d.jpg)
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