最新冷凍電鏡(cryo-EM)圖像重構(gòu)GPU工作站配置推薦2023v1
升級(jí)和更新日期：2023年02月16日
升級(jí)關(guān)鍵點(diǎn)：
（1）硬件配置：GPU采用最新RTX4080/RTX4090，整體性能提升
（2）系統(tǒng)和軟件：支持Relion、SCIPION、CRYOSPARC，全部裝好，機(jī)器到手，開(kāi)機(jī)即用
（3）價(jià)格下調(diào)
（一）GPU計(jì)算卡升級(jí)換代
【GPU計(jì)算卡】已經(jīng)升級(jí)換代，已經(jīng)從RTX20系列升級(jí)到RTX30系列，可供選擇的高速GPU卡：RTX3070、RTX3080、RTX3090、RTX A6000，處理性能大幅提升，其算力大致如下：
No |
型號(hào) |
卡數(shù) |
CUDA核數(shù) |
FP32 (單位Tflops） |
張量計(jì)算FP16(單位Tflops) |
顯存帶寬GBs |
顯存合計(jì)GB |
1 |
A6000 |
8塊 |
86016 |
320 |
2496 |
768 |
384 |
2 |
RTX3090 |
8塊 |
83968 |
285 |
2280 |
936 |
192 |
3 |
A6000 |
7塊 |
75264 |
280 |
2184 |
768 |
336 |
4 |
RTX3090 |
7塊 |
73472 |
249 |
1995 |
936 |
168 |
5 |
A6000 |
6塊 |
64512 |
240 |
1872 |
768 |
288 |
6 |
RTX3080 |
8塊 |
69632 |
238 |
1904 |
760 |
80 |
7 |
A5000 |
8塊 |
65536 |
222 |
1728 |
768 |
192 |
8 |
RTX3090 |
6塊 |
62976 |
213 |
1710 |
936 |
144 |
9 |
A6000 |
5塊 |
53760 |
200 |
1560 |
768 |
240 |
10 |
RTX3080 |
6塊 |
52224 |
179 |
1428 |
760 |
60 |
11 |
RTX3090 |
5塊 |
52480 |
178 |
1425 |
936 |
120 |
12 |
A5000 |
6塊 |
49152 |
166 |
1302 |
768 |
144 |
13 |
A6000 |
4塊 |
43008 |
160 |
1248 |
768 |
192 |
14 |
RTX3080 |
5塊 |
43520 |
149 |
1190 |
760 |
50 |
15 |
RTX3090 |
4塊 |
41984 |
142 |
1140 |
936 |
96 |
16 |
RTX3080Ti |
4塊 |
69632 |
136 |
1064 |
912 |
48 |
17 |
RTX3070 |
7塊 |
41216 |
142 |
1141 |
448 |
56 |
18 |
A5000 |
5塊 |
40960 |
139 |
1085 |
768 |
120 |
19 |
RTX3070 |
6塊 |
35328 |
122 |
978 |
448 |
48 |
20 |
RTX3080 |
4塊 |
34816 |
119 |
952 |
760 |
40 |
21 |
A5000 |
4塊 |
32768 |
111 |
868 |
768 |
96 |
22 |
RTX3090 |
3塊 |
41984 |
107 |
855 |
936 |
72 |
23 |
RTX3080Ti |
3塊 |
34816 |
102 |
798 |
912 |
36 |
24 |
RTX3070 |
5塊 |
29440 |
102 |
815 |
448 |
40 |
25 |
RTX3080 |
3塊 |
34816 |
89 |
714 |
760 |
40 |
26 |
A5000 |
3塊 |
24576 |
83 |
651 |
768 |
72 |
27 |
RTX3070 |
4塊 |
23552 |
81 |
652 |
448 |
32 |
28 |
A6000 |
2塊 |
21504 |
80 |
624 |
768 |
96 |
29 |
RTX3090 |
2塊 |
20992 |
71 |
570 |
936 |
48 |
30 |
RTX3080Ti |
2塊 |
20480 |
68 |
532 |
912 |
24 |
31 |
RTX3070 |
3塊 |
23552 |
61 |
489 |
448 |
24 |
32 |
RTX3080 |
2塊 |
17408 |
60 |
476 |
760 |
20 |
33 |
A5000 |
2塊 |
16384 |
55 |
432 |
768 |
48 |
34 |
RTX3070 |
2塊 |
11776 |
41 |
326 |
448 |
16 |
35 |
A6000 |
1塊 |
10752 |
40 |
312 |
768 |
48 |
36 |
RTX3090 |
1塊 |
10496 |
36 |
285 |
936 |
24 |
37 |
RTX3080Ti |
1塊 |
10240 |
34 |
266 |
912 |
12 |
38 |
RTX3080 |
1塊 |
8704 |
30 |
238 |
760 |
10 |
39 |
A5000 |
1塊 |
8192 |
28 |
217 |
768 |
24 |
40 |
RTX3070 |
1塊 |
5888 |
20 |
163 |
448 |
8 |
另外，與以前的版本相比，【RELION 3.1】中的新功能允許更快、更自動(dòng)化和更高分辨率的冷凍電鏡結(jié)構(gòu)測(cè)定。
RTX3090處理能力的測(cè)試截圖：
相關(guān)測(cè)試證明 RTX3090比上一代RTX2080ti，3D分類 加速40%，二維分類加速70%
數(shù)據(jù)來(lái)源：https://www.linuxvixion.com/blog/relion-fastest-ever-benchmark/
（二）UltraLAB冷凍電鏡計(jì)算設(shè)備機(jī)型介紹
西安坤隆計(jì)算機(jī)科技有限公司自2019年推出基于冷凍電鏡圖像重構(gòu)工作站配置方案，至今已二年多，UltraLAB工作站將升級(jí)換代，推出新機(jī)型配置方案，其特點(diǎn)具有架構(gòu)更新、計(jì)算速度更快、存儲(chǔ)容量更大。
第1類 UltraLAB GA300/GT420（服務(wù)器級(jí)）產(chǎn)品特點(diǎn)
技術(shù)規(guī)格
NO |
機(jī)型 |
GA300 |
GT420 |
1 |
CPU |
Intel 11代高頻處理器 6核@4.8GHz 8核@4.8GHz
|
Intel 3代Xeon處理器 |
2 |
芯片組 |
Z590+PCH |
C621A+PCH |
3 |
內(nèi)存 |
DDR4 3200 最大128GB |
DDR4 2933 最大1TB |
4 |
GPU |
最大2塊（雙/三槽卡） 雙PCIe 4.0 x8 |
最大2塊（三槽卡） 最大4塊(雙槽卡) |
5 |
硬盤(pán)位 |
8個(gè)3.5寸 最大144TB |
8個(gè)3.5寸 最大144TB |
6 |
電源 |
2000W |
2000W |
特點(diǎn)：
【GA300機(jī)型】支持PCIe 4.0 x16，如果是雙卡，每個(gè)卡的接口PCIe 4.0 x8，相當(dāng)于PCIe 3.0 x16
【GT410機(jī)型】最大特點(diǎn)是內(nèi)存比GA300能提供更大容量?jī)?nèi)存
第2類 GT420M/GX650M（工作站級(jí)）產(chǎn)品特點(diǎn)
技術(shù)規(guī)格
NO |
機(jī)型 |
GT420M |
GX650M |
1 |
CPU |
1顆Xeon三代可擴(kuò)展處理器 43xx/53xx/6300x/8300x系列（最大40核） |
2顆Xeon 三代可擴(kuò)展處理器 43xx/53xx/63xx/83xx系列（最大80核） |
2 |
芯片組 |
C621A+PCH |
C621A+PCH |
3 |
內(nèi)存 |
DDR4 3200/2933/2666 最大1TB |
DDR4 3200/2933/2666 最大2TB |
4 |
GPU |
最大4塊（雙/三槽卡） 四個(gè)PCIe 4.0 x8 |
最大6塊（三槽卡） 最大7塊(雙槽卡) 6個(gè)PCIe 4.0 x16（全速） |
5 |
硬盤(pán)位 |
16個(gè)3.5寸 最大270TB |
16個(gè)3.5寸 最大270TB |
6 |
電源 |
雙2000W |
雙2000W |
7 |
噪音等級(jí) |
靜音級(jí) |
靜音級(jí) |
特點(diǎn)：
GT420M機(jī)型 與其他品牌機(jī)器相比，這是市場(chǎng)上唯一可以支持4塊三槽GPU卡、最大270TB，同時(shí)靜音的工作站。
GX650M機(jī)型最大特點(diǎn)是目前市場(chǎng)上唯一支持6塊三槽GPU卡，全部PCIe x16，最大270TB存儲(chǔ)，還能整機(jī)保證靜音級(jí)。
（三）冷凍電鏡GPU工作站硬件配置推薦2023v1
NO |
品牌與型號(hào) |
配置規(guī)格 |
算力 FP32 Tflops |
價(jià)格 |
求解能力 圖片分辨率參考 |
1 |
GA320P 15164-36T2X |
intel 13代高頻處理器（14核，其中6核@5.1GHz，8核3.9GHz ）/ 64GB DDR5 /2*RTX4080 16GB/1TB M2.SSD系統(tǒng)盤(pán) /2*18TB SATA企業(yè)級(jí)/雙式(2000w)/27寸-4K顯示器 |
80T |
71000 |
200x200 |
2 |
GA300 149128-48T2T |
intel 13代高頻處理器（16核，其中8核@5.3GHz，8核4.0GHz ）/ 128GB DDR5 /2*RTX4090 24GB /2TB M2.SSD系統(tǒng)盤(pán) / 3*18TB SATA企業(yè)級(jí)/雙塔式(2000w)/ 27寸-2K顯示器 |
164T |
92900 |
360x360 |
3 |
GT420M 128128-64T2T |
Xeon 銀4314（16核@2.8GHz ）/ 128GB DDR4 /2*RTX4090 24GB/2TB M2.SSD系統(tǒng)盤(pán) /5*18TB SATA企業(yè)級(jí)/塔式(2000w)/ 27寸-4K顯示器 |
164T |
99990 |
360x360 |
4 |
GT650M 228192-72T2T |
2*Xeon 銀4314（32核@2.8GHz ）/192GB DDR4 /2*RTX4090 24GB/3.84TB PCIeSSD系統(tǒng)盤(pán)/4*18TB SATA企業(yè)級(jí)/雙塔(2000w)/ 27寸-4K顯示器 |
164T |
112000 |
360x360 |
5 |
GA320P 157128-54T3T |
intel 13代高頻處理器（24核，其中8核@5.7GHz，16核4.0GHz ）/ 128GB DDR5 /3*RTX4090 24GB /2TB M2.SSD系統(tǒng)盤(pán) / 3*18TB SATA企業(yè)級(jí)/雙塔式(2000w)/ 27寸-2K顯示器
|
240T |
119900 |
400x400 |
6 |
GX650M 228256-126T4T |
2顆Xeon 銀4316（40核@2.8GHz ）/ 256GB DDR4 /4*RTX4090 24GB/3.84TB PCIeSSD/126TB并行存儲(chǔ)/雙塔(2*2000w)/ 27寸-4K顯示器 |
320T |
186000 |
500x500 |
7 |
GX650M 233384-240T6E |
2顆Xeon 金6326（32核@3.3GHz ）/ 384GB DDR4 /6*A6000 48GB /960GB SSD/7.68TB PCIeSSD系統(tǒng)盤(pán) /240TB并行存儲(chǔ)/雙塔(2*2000w)/ 27寸-4K顯示器 |
240T |
379000 |
600x600 |
關(guān)于RELION基準(zhǔn)測(cè)試和計(jì)算機(jī)硬件資料
https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Benchmarks_%26_computer_hardware#Accelerated_RELION.2C_using_GPUs_or_CPU-vectorization
上述所有配置，代表最新硬件架構(gòu)，同時(shí)保證是最完美，最快，歡迎交流探討。
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