署名為Amyris公司，由過去和現(xiàn)任部分股東進行的一項研究進展，新年發(fā)表在預印版網(wǎng)站。文章發(fā)表了該公司的菌種設計平臺技術Lila算法，并對一些實際的應用進行了公開。

從文章的產(chǎn)品分子列表看，該技術幾乎把目前行業(yè)所見所有化合物在兩種常用底盤大腸桿菌和釀酒酵母都進行了通路設計和篩選，部分產(chǎn)品在96孔板和2L罐可達到至少10g/L的產(chǎn)量。不難判斷，Amyris的產(chǎn)品庫積累是何等的深厚。

工程微生物合成具有社會價值的分子歷來是一個耗時且手工的過程，每個新的非天然分子的合成通常都需要單獨構(gòu)建。

由于大多數(shù)微生物菌株工程工作都利用了有限數(shù)量的常見代謝工程設計策略，因此我們認為，自動化這些設計步驟將有助于創(chuàng)建一條管道，可以快速，廉價，可靠地生成所謂的微生物工廠。

在這項工作中，我們描述了一個計算系統(tǒng)的設計和實現(xiàn)，我們稱之為Lila的自動化科學家，它通過設計-構(gòu)建-測試-學習（DBTL）范式處理所有代謝工程設計和優(yōu)化。Lila生成代謝途徑，識別擾動的相關遺傳元素，并在幾秒鐘到幾分鐘內(nèi)指定微生物菌株的設計和重新設計。然后構(gòu)建Lila指定的菌株，然后作為高度自動化的內(nèi)部管道的一部分進行表型分析。人類仍然在循環(huán)中策劃系統(tǒng)做出的選擇，例如幫助完善代謝模型或建議定制的蛋白質(zhì)修飾。Lila試圖建立可以產(chǎn)生454種生化上不同的分子的菌株，其前體廣泛分布在兩種微生物宿主釀酒酵母和大腸桿菌的代謝中。值得注意的是，我們觀察到柚皮素分子的最高公布滴度，柚皮素是類黃酮的代謝前體。我們總共創(chuàng)造了數(shù)十萬種能夠過度產(chǎn)生242個分子的微生物菌株，其中180個不是釀酒酵母或大腸桿菌的天然菌株。

文章來源：嗶bang