自由能形貌（free energy landscape，FEL）表征了模擬過程中蛋白質的自由能變化。自由能形貌圖一般通過兩個描述體系特征的量來進行繪制，例如RMSD和Rg，也有文獻中用主成分分析PC1和PC2繪制。本文以RMSD和Rg兩個特征量繪制為例。

1. 獲得蛋白質骨架的RMSD和Rg數據rmsd.xvg和rg.xvg。

對rmsd.xvg和rg.xvg文件進行處理，刪除所有注釋行（以#或者@開頭的行和空行）以及rg.xvg中的XYZ三個方向上的Rg數據。使rmsd.xvg和rg.xvg文件中只有兩列數據。

2. 合并rmsd.xvg和rg.xvg文件，把同一時間下的RMSD和Rg數據寫在同一行，組合文件中包含三列：時間、RMSD、Rg，可使用如下命令實現。

3. 利用gmx的sham命令生成自由能形貌圖。

-f：讀入組合文件

-ls: 輸出自由能形貌圖

-nlevels: 設定FEL的層次數量

更多參數設置請參考gmx help sham給出的幫助信息。

上面的命令執行之后，得到gibbs.xpm文件即為自由能形貌圖。

4. 用origin繪制自由能形貌圖

xpm文件可以通過多種方式查看，這里我們利用xpm2all.bsh腳本將xpm文件轉換為3列數據的文本文件。

將得到的數據復制到Origin中繪圖。

可根據實際需要進行平滑處理繪圖，此外還可以繪制3維的自由能形貌圖。利用主成分分析繪制自由能形貌圖，一般來說就是用主成分1和2取代上文中的RMSD和Rg，后處理都是一樣的。

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