內容摘自北鯤云五月份直播內容【聲子譜的計算、后處理與分析實例】 另有文章【不同壓強下ZnO的聲子譜計算及其收斂性測試】可在發(fā)布的內容中查閱。

所有計算皆在北鯤云超算平臺上完成。

計算聲子譜所需軟件：

1 VASP(Vienna Ab-initio Simulation Package) 

結構計算與聲子譜基本計算 

2 phonopy 聲子譜的計算與后處理 

3 vaspkit 各種后處理 

4 Origin，python，matlab 等畫圖軟件

選取標準原胞計算

意義：不容易出錯且節(jié)省計算時間嗎，結果比較漂亮

方法：

1 vaspkit-6-602

2 phonopy   --symmetry 

 

高精度結構優(yōu)化
 

擴胞

原因：VASP直接計算的是Gamma點的聲子情況。 

如何擴胞：Phonopy –d –dim=“x x x” –c POSCAR-unitc 

擴多大：網傳10A原則

 

有限差分法/有限位移法/密度泛函微擾理論  

 

后處理：繪制聲子譜圖

提取力常數： 

命令：phonopy --fc vasprun.xml 

調整控制文件 

name.conf M_NAME = l Cr DIM = 2  2  1 BAND = 0.500 0.000 -0.333 0.000 0.000 0.000 0.000 0.667 0.000  FORCE_CONSTANTS = READ BAND_POINTS = 51 #BAND_LABELS = X $\Gamma$ L #DOS = .TRUE.  #PDOS = 1 2, 3 4 5 6 or Auto 

計算數據： phonopy --dim="2 2 1" -c POSCAR-unit -p name.conf 

導出數據 ：phonopy-bandplot --gnuplot >1.dat 

或者直接出圖： phonopy --dim=“2 2 1” -c POSCAR-unit -p name.conf -s 

 

后處理：虛頻及軟膜處理方法

利用phonopy產生不同k點的振動情況動畫。 

 

 

在北鯤云超算平臺上開啟VASP

可選擇的作業(yè)提交方式：模板提交/命令行提交

模板提交的方式非常簡單：打開軟件—選擇可視化模板提交—點擊輸入文件列表上傳文件，必須至少包含INCAR—選擇硬件配置（節(jié)點數量和內存配比）—查看作業(yè)內容匯總

命令行提交:

需要通過SSH鏈接創(chuàng)建并連接管理節(jié)點

具體的命令行可以在幫助手冊中查詢，這里平臺使用的是Slurm作業(yè)管理系統(tǒng)及Linux傳輸。