電磁干擾會降低射頻傳感器探測能力。在城市環境中，有許多潛在的干擾源，包括通信天線、雙向無線電、遙測系統，甚至包括電線和LED燈。

某些射頻傳感器，包括一些被稱為“被動式”傳感系統，也可能會發出能夠干擾其他通信的射頻信號，使它們在某些環境中面臨潛在的危險。

攝像機系統可能會將無人機與鳥類或飛機混淆，也可能被能見度低的惡劣天氣影響，或者無法發現在太陽等強光源背光照射下的無人機。

雷達、某些射頻傳感器和EO/IR傳感器，為了探測到目標，必須與入侵無人機保持在視線范圍。這在城市環境中尤其成問題，因為無人機可能在傳感器視線內只出現幾秒鐘，然后再次消失。

一些探測系統只能對來襲無人機提供粗略的位置信息估算。

某些飛行模式——最明顯的是懸停和垂直移動——對于使用自動跟蹤算法（應用于雷達或攝像機）的探測系統，或許更難發現無人機。

聲學傳感器依賴于由已知無人機發出的聲音構建的聲音數據庫。類似的，射頻探測系統同樣只檢測預先建立的數據庫中的特定頻段。鑒于無人機在市場上的迅速崛起和激增，即使數據庫經常更新，也永遠無法在任何時候涵蓋所有可能飛行的無人機（的數據）。

為了發揮作用，反無人機（C-UAS）系統探測系統需要有很低的誤報和漏報率。這是很難實現的。C-UAS探測元件必須足夠靈敏，能夠探測到使用區域內的所有無人機，但過于靈敏的系統可能會產生大量的誤報，導致系統無法使用。