人工智能、藥物設(shè)計、藥物ADMET評價、抑制劑篩選

互動派

2021年6月4日 11:24

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人工智能、藥物設(shè)計、藥物ADMET評價、抑制劑篩選的圖2

01 培訓(xùn)特色

本次課程共計4天，采用“2+2”教學(xué)體系，分兩階段授課，給與學(xué)員鞏固練習(xí)時間；小班授課，對知識進(jìn)行由淺入深，層層遞進(jìn)，系統(tǒng)講解，配合案例解析邊講邊練，讓學(xué)員能運用模擬軟件針對每個技術(shù)點進(jìn)行上機(jī)操作；在線學(xué)習(xí)后對學(xué)員提煉出的問題提供專業(yè)指導(dǎo)，從而更好地滿足學(xué)員不同方面的論文及實際科研工作需求；課堂上建立專屬班級交流平臺，學(xué)員學(xué)完后可以繼續(xù)在班級群與老師同學(xué)交流問題，鞏固學(xué)習(xí)內(nèi)容。

02 培訓(xùn)對象

各省市、自治區(qū)從事藥學(xué)、生物學(xué)、化學(xué)、有機(jī)化工、腫瘤學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、計算機(jī)軟件及計算機(jī)應(yīng)用技術(shù)、自動化技術(shù)等領(lǐng)域相關(guān)單位及部門，以及各大高校相關(guān)科研人員。

03 時間地點

202 1 年 06 月 26 日- 06 月 27 日

在線直播（授課 2 天）

202 1 年 0 7 月 03 日- 0 7 月 04 日

在線直播（授課 2 天）

04 培訓(xùn)大綱

課程名稱

課程內(nèi)容

分子表征及特征提取

1. 分子描述符和分子指紋

1.1 分子描述符和分子指紋概念

1.2 分子描述符類別和特點

1.3 分子指紋的類別和特點

2. 分子描述符/指紋計算軟件

2.1 分子表示方法和格式

2.1.1 SMILES，SMARTS，SDF, MOL, MOL2, PDB

2.1.2 JEM Editor, Chemdoodle, ChemAxon, ChemDraw, DrugBank

2.2 RDKit簡介及環(huán)境部署

2.3 RDKit中如何操作分子

2.4 RDKit中描述符的計算以及存儲

2.5 OpenBabel簡介及環(huán)境部署

2.6 OpenBabel操作分子和格式轉(zhuǎn)換

2.7 OpenBabel中的分子描述符和指紋

2.8 ChemDes計算分子描述符和指紋

2.9 ChemDes中的格式轉(zhuǎn)換和分子優(yōu)化

2.10 PyBioMed 簡介環(huán)境部署

2.11 PyBioMed 獲取分子

2.12 PyBioMed 計算分子描述符

2.13 PyBioMed 計算分子指紋

2.14 PyBioMed 計算蛋白質(zhì)描述符

2.45PyBioMed 計算核酸描述符

2.15 PyBioMed 計算相互作用描述符

結(jié)構(gòu)、數(shù)據(jù)預(yù)處理

3. 結(jié)構(gòu)預(yù)處理和數(shù)據(jù)預(yù)處理

3.1 PyBioMed結(jié)構(gòu)預(yù)處理

3.2 ChemSAR結(jié)構(gòu)預(yù)處理

3.3 KNIME 結(jié)構(gòu)預(yù)處理

3.4 Excel數(shù)據(jù)預(yù)處理及注意的問題

3.5 KNIME數(shù)據(jù)預(yù)處理

3.6 Pandas環(huán)境配置以及基本操作

3.6 sklearn數(shù)據(jù)預(yù)處理

3.7 歸一化與空值處理

常用人工智能藥物設(shè)計算法和軟件

4. 算法簡單介紹和分類

4.1 藥物設(shè)計中人工智能常用算法簡介

4.2 常用算法實現(xiàn)軟件或工具介紹

5. KNIME軟件介紹

5.1 KNIME軟件特色和界面

5.2 KNIME軟件構(gòu)建基本計算任務(wù)

5.3 KNIME軟件社區(qū)支持

5.4 KNIME軟件定制化插件

5.5 KNIME軟件第三方支持

6. 特征選擇

6.1 基于sklearn的特征選擇

6.1.1 相關(guān)性分析，相關(guān)性繪圖

6.1.2 單變量特征選擇及選擇K個特征

6.1.3 遞歸式特征刪除

6.2 基于KNIME流程的特征選擇

6.2.1 相關(guān)性分析，相關(guān)性繪圖

6.2.2 單變量特征選擇

6.2.3 遞歸式特征刪除

7. 模型的評價與解釋

7.1 回歸模型和分類模型的評價指標(biāo)

7.2 應(yīng)用域的評估

7.3 基于樹的模型的解釋

類藥性和ADMET評價實踐

8. ADMET介紹

8.1 ADMET概念以及意義

8.2 基于人工智能的ADMET虛擬評價方法的進(jìn)展

8.3 ADMET計算資源（ADMETlab、ADMETsar等）

9. KNIME軟件構(gòu)建ADMET模型

9.1 KNIME軟件配置相關(guān)插件

9.2 caco-2細(xì)胞滲透性數(shù)據(jù)概覽

9.3 結(jié)構(gòu)預(yù)處理

9.4 描述符和指紋計算

9.5 SVM模型構(gòu)建以及參數(shù)調(diào)整

9.6 RF模型構(gòu)架及參數(shù)調(diào)整

9.7 RNN模型構(gòu)建以及簡單超參數(shù)調(diào)整

10. ADMET計算軟件和實操

10.1 ADMETlab（v1.0 與v2.0）計算平臺使用

10.2 admetSAR計算平臺使用

10.3 本地模型調(diào)用以及預(yù)測

GRK2抑制劑篩選實踐

11. 噪聲過濾和相似性搜索

11.1 FAFDrugs4過濾

11.2 指紋和相似性度量計算

11.3 Swiss-Similarity相似性搜索

12. 機(jī)器學(xué)習(xí)模型構(gòu)建和預(yù)測

12.1 收集GRK2化合物（講解過程）

12.2 計算合適的分子表征

12.3 算法和特征選擇

12.4 模型構(gòu)建和評價

12.5 應(yīng)用模型篩選化合物庫

13. 分子對接

13.1 蛋白質(zhì)預(yù)處理

13.2 小分子預(yù)處理

13.3 可應(yīng)用Swiss-Dock對接

14. ADMET評估

14.1 ADMETlab計算并評估

14.2 確定相關(guān)性質(zhì)的參考范圍

14.3 評估并確定Hits.

05 報名費用

每人￥3900元（含報名費、培訓(xùn)費、資料費、證書費）

06 增值服務(wù)

1、凡報名學(xué)員將獲得本次培訓(xùn)書本教材及隨堂電子數(shù)據(jù)資料；

2、價格優(yōu)惠：

優(yōu)惠一：2021年6月11日前匯款可享受200元優(yōu)惠；

優(yōu)惠二：同一單位同時參加2人及以上可享受每人200元學(xué)費優(yōu)惠；

優(yōu)惠三：同一人參加兩個班可享受每班200元學(xué)費優(yōu)惠；

3、學(xué)員提出的各自研究方向遇到的問題在課程結(jié)束后可以長期得到老師的解答與指導(dǎo)（郵件、微信等）；

4、參加培訓(xùn)并通過考試的學(xué)員，可以獲得：北京軟研國際信息技術(shù)研究院培訓(xùn)中心頒發(fā)的《人工智能藥物設(shè)計技術(shù)與應(yīng)用實踐》專業(yè)技能結(jié)業(yè)證書；

07 聯(lián)系方式

咨詢電話：15311528186

聯(lián) 系人: 汪老師

報名郵箱：85329991@qq.com

報名QQ: 85329991

官方網(wǎng)址：www.hdpaii.com

官方座機(jī)：010-56245524

【注】1、開課前一周會務(wù)組統(tǒng)一通知；開課前一天會將直播鏈接及上機(jī)賬號發(fā)至您郵箱或微信。如未收到請及時電話咨詢！

2、同時開設(shè)的相關(guān)課程：《代謝組學(xué)數(shù)據(jù)分析及網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究技術(shù)與實踐》具體介紹請咨詢招生老師！

08 課程問答

問題1：課程講師是否專業(yè)？

本次課程由工作在科研一線的藥物設(shè)計課題組核心成員擔(dān)任主講，在領(lǐng)域內(nèi)核心期刊發(fā)表SCI收錄論文30多篇，另開發(fā)了十多款藥物設(shè)計相關(guān)軟件和計算平臺，近幾年主持/參與國家自然科學(xué)基金和省自然科學(xué)基金多項。從事人工智能藥物分子設(shè)計研究工作近十年，擅長藥物發(fā)現(xiàn)過程中Web服務(wù)、數(shù)據(jù)庫、軟件、工具的開發(fā)，以及虛擬篩選方法的開發(fā)等。

問題2：課程是否適合小白/零基礎(chǔ)的學(xué)員？

對于初學(xué)者，因缺乏對人工智能數(shù)據(jù)算法、平臺、軟件的掌握與深入理解，導(dǎo)致無從下手。而本次人工智能藥物設(shè)計技術(shù)與應(yīng)用實踐專題課程就是為初學(xué)者量身訂做，四天從九個模塊的專業(yè)知識配合實際案例操作，從數(shù)據(jù)分析的角度出發(fā)，讓你從AI小白到能夠結(jié)合藥學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)與AI技術(shù)結(jié)合出成果的學(xué)術(shù)弄潮兒。

每節(jié)實戰(zhàn)課都總結(jié)為數(shù)個知識點，整個學(xué)習(xí)一目了然，絕不迷失。

問題3：通過人工智能藥物設(shè)計技術(shù)與應(yīng)用實踐專題培訓(xùn)班我能學(xué)到什么？

本次課程共計四天，一共二十四個小時教學(xué)；整體分為五大模塊十四個專題講授，均采用“理論+實操”模式，系統(tǒng)講授藥物設(shè)計結(jié)合AI人工智能的研究技術(shù)，為你講解其中關(guān)鍵訣竅，幫你打開用AI技術(shù)研究藥物發(fā)現(xiàn)的大門。

問題4：培訓(xùn)時遇到疑問，怎么辦？

課程采用邊講邊練邊答疑的模式，實戰(zhàn)跟著老師一步一步操作，過程中通過班級微信群實時跟蹤操作結(jié)果，遇到問題及時反饋、當(dāng)堂解決，讓你實戰(zhàn)不出錯！

本次課程采用在線直播的形式，學(xué)習(xí)方式靈活。課前建立專門答疑的班級微信群，學(xué)員在課前、課間、課后皆可與主講老師隨時溝通解答。

大家伙兒一定要帶著問題來，權(quán)威老師幫你抽絲剝繭，和你一起打開成功的大門！

問題5：如何報名、繳費？

1、致電專門負(fù)責(zé)行政招生的老師報名，聯(lián)系方式見本文件“第七條”。

2、填寫下方附件報名回執(zhí)表發(fā)送到專門負(fù)責(zé)行政招生工作的老師。

3、繳費支持公對公轉(zhuǎn)賬、個人墊付（對公到賬及時退還墊付費用，可開具墊付證明）。