今天的內(nèi)容主要介紹小分子數(shù)據(jù)庫與auto dock vina做單個蛋白-小分子對接的方法：

小分子數(shù)據(jù)庫

ZINC小分子數(shù)據(jù)庫是比較著名的小分子庫，里面的小分子基本都可以買到，而且還能搜索與某小分子相似的其它小分子，功能強大，官網(wǎng)是：https://zinc.docking.org/

當然還有很多其它小分子庫，如pumchem里也有很多小分子：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

根據(jù)大家的需求去選擇小分子

本系列課講解的文獻里使用的是ZINC里收錄的1615個FDA獲批的小分子：https://zinc.docking.org/substances/subsets/fda/

auto dock vina使用方法

“提前安裝好autodock tools和autodock vina”

安裝方法可以去auto dock vina官網(wǎng)上的tutorial一欄中找，或者參見山東大學生物信息學課程（http://www.icourse163.org/course/SDU-1001907001），該課程有一節(jié)專門講小分子對接的，但是課程里用的是autodock，不是auto dock vina，使用的準備受體和配體，以及盒子的方法是一樣的；

準備受體文件，將受體pdb文件轉(zhuǎn)成pdbqt文件：

1. file--read molecule--選擇receptor.pdb

2. Edit--hydrogens--add--選擇默認選項點OK，或者Polar only--點OK

3. Grid--macromolecule--choose--protein--select molecule--OK--保存為pdbqt文件

準備配體pdbqt文件：

1. ligand--input--open--ligand.pdb

2. hide protein, so we can see the ligand.pdb

3. ligand--torsion tree--choose torsion

4. ligand--out put --save as pdbqt

準備盒子大小和坐標：

grid--grid box--調(diào)整盒子大小和盒子的中心坐標

把盒子的大小和坐標記下來：

32， 30， 28

-11.867, 15.851, 68.917

創(chuàng)建conf.arg文件：

receptor = receptor.pdbqt
ligand = ligand.pdbqt

center_x =  -11.867
center_y =  15.851
center_z =  68.917

size_x = 22
size_y = 30
size_z = 28

exhaustiveness =16
num_modes = 9
energy_range = 4

autodock vina對接receptor.pdbqt和ligand.pdbqt:

打開windows的終端，輸入：

cd receptor和ligand的目錄地址

運行auto dock vina:

"C:\Program Files (x86)\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe" --config conf.arg --lo

批量對接需要Linux平臺，大家如果沒有Linux，建議安裝虛擬機或者雙系統(tǒng)，在Linux下同樣是先準備好auto dock vina和mgltools軟件，后面做小分子文件轉(zhuǎn)換還需要babel軟件，這些軟件的安裝教程在他們的官網(wǎng)上都有，大家可以摸索著安裝一下，我們下一節(jié)將介紹小分子批量對接的方法。

最后，有分子對接或者分子動力學相關(guān)需求，歡迎通過微信公眾號聯(lián)系我們。

微信公眾號：320科技工作室。