水動力學模塊（HD）：采用有限差分格式對圣維南方程組進行數值求解，模擬水文特征值（水位和流量）。

降雨徑流模塊（RR）：對降雨產流和匯流進行模擬。包括NAM，UHM，URBAN，SMAP模型

對流擴散模塊（AD）：模擬污染物質在水體中的對流擴散過程。

水質模塊（WQ）：對各種水質生化指標進行物理的、生化的過程進行模擬。可進行富營養化過程、細菌及微生物、重金屬物質遷移等模擬。  

泥沙輸運模塊（ST）：對泥沙在水中的輸移現象進行模擬，研究河道沖淤狀況。

MIKE11除上述基本模塊外，還有各種附件模塊如洪水預報（FF）模塊、GIS模塊、潰壩分析模塊（DB）、水工結構分析（SO）模塊、富營養化模塊（EU）、重金屬分析模塊（WQHM）等。