Schrodinger分子動力模擬與建模工作站配置探討

Schrodinger是計算化學領域為生命科學和材料研究提供解決方案領先者，是世界一流的分子建模、藥物設計和材料科學軟件集合，由AutoQSAR，Demond，FEP+、Maesrto 、MS Combi、MS Jaguar、Bioluminate、KNIME Extensions、Canvas、Glide、WaterMap等軟件組合而成.其中：

• 藥物發現：包含從頭設計、虛擬篩選、等級順序化合物、結構細化和準備、可視化和工作流程、生物制劑建模等，

• 材料科學：原子級仿真可以幫助您在開始合成和測試之前確定最有前途的結構和成分，從而可以加快新材料的開發。從有機電子產品到特種化學品再到聚合物制造

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Schrodinger Desmond高性能分子動力學模擬

Desmond結合了速度和準確性，可以進行長時間的分子動力學模擬，從而使用戶可以檢查具有重要生物學和藥學意義的事件。Desmond與Maestro無縫集成，可提供全面的設置，仿真和分析工具，支持GPU加速

FEP +用于藥物發現的高性能自由能計算FEP +結合了非常精確的力場（OPLS3e）和改進的采樣算法，這些采樣算法利用GPU的高性能提供了前所未有的精度來提供結合自由能，為啟用結構的藥物發現項目提供了重要價值。

DeepChem是一個python庫，可提供高質量的開源工具鏈，用于在藥物發現，材料科學，量子化學和生物學方面進行深度學習

Schrodinger軟件系統與硬件配置要求

（1）高性能分子動力模擬超算GPU卡要求

A1 服務器級可選：Tesla 系列（K80，M40，M60，P40，P100、V100、T4）

A2工作站級可選：Quadro P5000、RTX5000

GPU卡技術參數：

型號	CUDA核數	顯存(MB)	浮點計算指標 GFLOPs (單精度)	顯存帶寬 (GBs)	備注
Tesla V100	5120	16GB HBM2	14131	900
Tesla P40	3840	24GB	11758	480
Quadro RTX5000	3072	16GB GDDR6	11151	348	支持3D顯示
Tesla P100	3584	16GB HBM2	9526	732
Quadro P5000	2560	16GB	8873	288	支持3D顯示
Tesla M60	4096	16GB	9650	160
Tesla M40	3072	12GB	6844	288
Tesla K80	4992	24GB	8736	480
Tesla K40	2880	12GB	4291	288

2）分子建模與可視化分析配置要求

顯示設備：nvidia 3D Vision（四緩沖、OpenGL硬件立體顯示）、Zalman 3D 顯示器，100Hz刷新率

圖形APP:支持OpenGL2.1或更高

（3）支持操作系統

RedHat企業版（RHEL） 6.8-6.10 7.4-7.6

Centos 6.8-6.10 7.4-7.6

Ubuntu 16.04 LTS 18.04 LTS

SUSE SLES/SLED 15, SLES/SLED 12SP4

（4）支持GPU加速的Schrodinger軟件包

Desmond MD---高性能分子動力模擬

FEP+ ---用于藥物發現高性能自由能計算

WaterMAP ---配體優化的新范式

GPU Shape ---形狀篩分（快速高效的基于形狀的疊加和相似度搜索工具）

AutoQSAR/DeepChem ---適用于大數據應用的可擴展，直觀，深度學習的QSAR模型

Schrodinger 分子動力模擬與建模圖形工作站硬件配置推薦

 

NO	品牌與型號	配置規格	價格	備注
1	極速計算工作站 H380 15164-SATCD	8核@5.0GHz / 64GB DDR4 /Quadro P5000 16GB/960GB SSD系統盤 +4TB SATA企業級/塔式(750w)/ 32寸-2K圖顯	47500	MD計算，分子建模
2	極速計算工作站 GT400i 14596-SATDD	12核@4.5GHz / 96GB DDR4 /RTX 5000 16GB /960GB SSD系統盤 +6TB SATA企業級/塔式(750w)/ 32寸-2K圖顯	66500	MD計算，分子建模
3	極速計算工作站 AX400 143128-SATD2T	18核@4.2GHz / 128GB DDR4 /2*RTX 5000 16GB /960GB SSD系統盤 +6TB SATA企業級/塔式(750w)/ 32寸-2K圖顯	85000	MD計算，分子建模
4	多核并行工作站EX630i 22696-SATCD	2顆Xeon 金5218處理器（32核@2.6GHz ）/ 96GB   DDR4 / RTX   5000 16GB /960GB SSD系統盤 +4TB SATA企業級/塔式(865w)/ 32寸-2K圖顯	75000	MD計算
5	多核并行工作站EX630i 226128-SBTD2D	2顆Xeon 金5218處理器（32核@2.6GHz ）/ 128GB   DDR4 /雙RTX5000  16GB /1.9TB SSD系統盤 +6TB SATA企業級/塔式(865w)/ 32寸-2K圖顯	99900	MD計算
6	多核并行工作站EX630i 226192-SCTE4D	2顆Xeon 金5218處理器（32核@2.6GHz ）/ 192GB   DDR4 /4*RTX5000   16GB/3.84TB SSD系統盤 +8TB SATA企業級/雙塔式(2000w)/32寸-2K圖顯	168000	MD計算

 

UltraLAB工作站針對Schrodinger Desmond（分子動力模擬） GPU并行計算配備最新圖卡或計算卡，同時整機系統的優化，MD仿真的運行速度比CPU快200倍，另外UltraLAB極速工作站配備最新nvidia 圖靈架構專業圖卡，加速復雜的立體是分子建模與分析。